內切酶，即限制性核酸內切酶。亦稱限制性核酸酶。它是一種能催化多核苷酸的鏈斷裂的酶，只對脫氧核糖核酸內一定堿基序列中某一定位置發生作用，把這位置的鏈切開。通過內切酶可以把某一個遺傳基因切下來，若再連在別的細胞的遺傳基因上，便可使這細胞具有新的遺傳特性。內切酶的發現和采用，使基因工程成為可能。
內切酶是一種能催化多核苷酸的鏈斷裂的酶，只對脫氧核糖核酸內一定堿基序列中某一定位置發生作用，把這位置的鏈切開。通過內切酶可以把某一個遺傳基因切下來，若再連在別的細胞的遺傳基因上，便可使這細胞具有新的遺傳特性。內切酶的發現和采用，使基因工程成為可能。一種限制酶只能識別一種特定的核苷酸序列，并在特定的切點上切割DNA分子。克隆PCR產物的方法之一，是在PCR產物兩端設計一定的限制酶切位點，經酶切后克隆至用相同酶切的載體中。但實驗證明，大多數限制酶對裸露的酶切位點不能切斷。必須在酶切位點旁邊加上一個至幾個保護堿基，才能使所定的限制酶對其識別位點進行有效切斷。酶切位點（內切酶的識別序列）要加在引物的5'端，為保證PCR產物能被限制性內切酶的識別且有效的酶切，一般在引物的5'端酶切位點側邊加上保護堿基。具體為：5'-保護堿基＋酶切位點＋引物序列-3。
